Omdat bij chronische stress allerlei stresshormonen het hele lichaam in een andere toestand brengen, krijg je ook een terugkoppeling, om deze oververhitte toestand weer een beetje in het gareel te brengen. Hiervoor maakt het lichaam een stofje aan, dat Substance P heet. Dit remt de stressrespons, maar heeft als andere eigenschap dat het de pijnprikkel verhoogt. Door chronische stress start een actief proces, waardoor de ontstekingsgraad omhoog gaat, met als gevolg dat de pijnreceptoren worden geactiveerd. Hoewel de stressreactie door de aanmaak van Substance P omlaag gaat, blijft de pijn helaas bestaan. Maar als Substance P tot expressie wordt gebracht, gebeurt er nog iets anders. Niet alleen worden er meer pijnreceptoren op de zenuwen tot expressie gebracht, maar het hele gebied rond de pijnplek gaat veranderen. Er worden namelijk twee zeer belangrijke stoffen extra aangemaakt. Eén is een groeifactor voor bloedvaten, die vegf wordt genoemd. De ander is een factor, die onder andere nieuwe zenuwen kan aanleggen, en deze factor heet bdnf. Door de werking van vegf worden nieuwe vaten aangelegd, waardoor de doorbloeding blijvend gaat veranderen. Het bloed wordt aangevoerd door de slagader en vormt in het weefsel een netwerk aan kleine vertakkingen die weer samenkomen in de ader, waarna het bloed weer terugstroomt naar het hart. Bij fibromyalgiepatiënten worden door vegf nieuwe verbindingen tussen de slagader en de ader gevormd, waardoor het hele stroomgebied in dat weefsel kan veranderen. Deze ontregelde doorbloeding kan grote consequenties hebben voor bijvoorbeeld de thermoregulatie, waardoor deze mensen het vaak koud hebben. Ook wordt de zuurstofvoorziening anders, waardoor sommige gebieden te weinig zuurstof krijgen, wat zich uit in diepe pijn en vermoeidheid. Maar de ellende houdt nog niet op. De tweede factor, bdnf, legt in die nieuwe bloedvaten extra zenuwen aan, die ook nog eens extra pijnreceptoren hebben. Zo ontstaan gebieden die een verkeerde temperatuur hebben en niet de juiste zuurstofvoorziening, met energiegebrek als gevolg, en dat vaak gepaard gaat met veel pijn.
Het zal duidelijk zijn dat fibromyalgie patiënten heel reële problemen hebben, die vaak door de omgeving niet worden begrepen, waarmee zij, behalve hun lichamelijke ellende ook nog eens worden weggezet als klagers.